ナベインターナショナルでは2008年からGalaxyの構築を行なっており、Galaxyの挙動や周辺機能をいろいろとテストしてきました。Galaxyについては検索すれば豊富なチュートリアル資料がありますが、ユーザーとしての基本的な解析実行方法から、管理、ツール開発、便利な周辺機能と領域が多岐に渡るため全体像がつかみにくく、どこから取り組むべきかの判断から難しいものです。さらにGalaxyも開発から10年以上経ち、web上でも古い情報と最新の情報が混在するようになってくると、現在のGalaxyの概要をつかみたいと思ってもどこを見ればよいか迷ってしまいます。 そこで、6回のシリーズでGalaxyの概要や管理面でのTipsをご紹介したいと思います。Galaxyの理解を深める手助けとなれば幸いです。

(1) Galaxyのキホン

(2) Galaxyの拡張機能紹介

(3) DockerイメージをカスタマイズしてGalaxy上で使えるJupyter,RStudio

(4) ユーザー管理について

(5) ジョブ実行時の内部の動き

(6) APIを使ったGalaxyへのアクセス