Galaxyをわかりたい！ (6) APIを使ったGalaxyへのアクセス

2020-07-06 06:23未分類

前回までの記事 Galaxyをわかりたい！(1) Galaxyのキホン Galaxyをわかりたい！(2) Galaxyの拡張機能紹介 Galaxyをわかりたい！(3) Dockerイメージをカスタマイズして使えるPythonやRStudio Galaxyをわかりたい！(4) Galaxyでのユーザー管理について Galaxyをわかりたい！(5) Galaxy内部の動き今回は、「Galaxyをわかりたい！(2) Galaxyの拡張機能紹介」でも少しふれた、Galaxy APIにアクセスするためのライブラリBioblendをご紹介します。Bioblendを使うとpythonで自由度の高い操作ができます。

インストール

Galaxy本体もpythonで書かれており、インストール時にBioblendのライブラリも一緒にインストールされます。virtualenvでGalaxyのpython環境をロードすると使えるようになります。手元のPCなど、Galaxyがインストールされていない環境で使用するときは、pipでbioblendのみインストールします。 https://bioblend.readthedocs.io/en/stable/#installation

実行例

Galaxyサーバーへの接続

from bioblend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance(url='http://localhost:8083', key=[APIKEY])

GalaxyのURLとユーザーのAPI keyで操作するインスタンスを指定します。上記の例はローカルホストを指定していますが、リモートホストのインスタンスを指定することもできます。アクセスするユーザーの権限により実行可能な操作が違っており、たとえばデータライブラリを作成できるのは管理者権限のあるユーザーのAPI keyを使用したときのみです。API keyはweUIのユーザー設定から作成することができます。

ヒストリーにデータセットをアップロードする

from bioblend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance(url='http://[GALAXY_URL]:8083', key=[APIKEY])
update=gi.tools.upload_file('ecoli_1.fastq', 'ebfb8f50c6abde6d')

接続先とユーザーのAPI keyを指定し、データセットをアップロードします。ここでは、リモートのクライアントからデータセットをアップロードしています。Galaxyの実行ホストにログインする必要はありません。アップロードしたデータセットのhidを確認します。hidはヒストリーの各データセットごとに表示される番号です。

print(updata['outputs'][0]['hid'])
7

webUIから確認します。

pythonコンソールからアップロードしたものと同じ名前のファイルがヒストリーに表示されています。hidが同じ7となっていることがわかります。

ライブラリを作成してデータをアップロードする

"ProjectA_library"という名前で新規データライブラリを作成します。

from bioblend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance(url="http://localhost:8083", key=[APIKEY])
role_id=gi.roles.get_roles()[15]['id']
new_lib = gi.libraries.create_library('ProjectA_library')

データセットをアップロードします。ここでは、ホストのローカルファイルシステムにあるファイル群をアップロードしています。データライブラリインポート用に設定したディレクトリにあらかじめファイルを配置しておく必要があります。

datalist=gi.libraries.upload_file_from_server(new_lib['id'],'shared_fastqdata')

webUIから確認します。

ProjectA_libraryに複数のデータがアップロードされています。

"Galaxyをわかりたい！" まとめ

「Galaxyをわかりたい！」と題して6回にわたってお送りしてきました。Galaxyについてはweb上にたくさん情報があるものの、日々開発が進み機能が増えると、管理面でのまとまった情報にたどり着くのもなかなか難しいものです。こうしている間にも新バージョンのリリースがありました(2020年7月現在で最新は20.05)。NABEでも引き続き動向を追っていきますので、ご興味のある方はどうぞご相談ください。

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