Apache Spark (DANNデータ読み込み編)
最近はウェビナー等ではHailのお話をすることが多いですが、ここではGlow(https://glow.readthedocs.io)やApache SparkのネイティブなDataFrameを使ってゲノムデータ等を取り … “Apache Spark (DANNデータ読み込み編)”の続きを読む
最近はウェビナー等ではHailのお話をすることが多いですが、ここではGlow(https://glow.readthedocs.io)やApache SparkのネイティブなDataFrameを使ってゲノムデータ等を取り … “Apache Spark (DANNデータ読み込み編)”の続きを読む
来る7月26日火曜日の14:00-16:00に、 「がんゲノムデータ 解析」書籍発売記念ウェビナーhailを使うと誰でもポリジェニックリスクスコアを計算できる が開かれます。 弊社の内田も「hailのhail-jpコミュ … “ウェビナーのご案内”の続きを読む
少し間があいてしまいましたが、今回はCADDのデータをApache Sparkに読み込んでみました。CADDのデータそのものはタブ区切りのcsvファイルですので、spark.read.csv()で読み込んでいくことができ … “Apache Spark (CADDデータ読み込み)”の続きを読む
hail-0.2.94がご利用いただけます Takeru Spark Hail edition はAWSを基本としたCloudリソース上でHailを使うためのサービスです。Hailは開発スピードが速く、比較的頻繁にバージ … “Takeru Spark Hail edition updates”の続きを読む
今回はGTEx sQTLのAdipose_SubcutaneousをApache SparkのDataFrameに取り込みます。容量も大きいのでAWS上に構築したSpark Clusterを使用します。 データの下準備 … “Omics Analysis with Apache Spark 第3回 GTEx sQTLデータ編”の続きを読む
前回はGTEx eQTLのAdipose_SubcutaneousをApache SparkのDataFrameに取り込みました。今回はいよいよそれを全tissueに拡大します。また、容量も大きくなってきましたので今回は … “Omics Analysis with Apache Spark 第2回 GTEx eQTLデータ編”の続きを読む
前回記事の処理を分析して並列性能をアップ 今回はeQTLの全データをDataFrameにする予定でしたが、前回記事に改善箇所がありましたのでSparkのUIとともにその解説をしたいと思います。 時間がかかっていそうな箇所 … “Spark UIを使ったパフォーマンスの分析と改善”の続きを読む
GTEx eQTL/sQTLデータ編 第1回 今回はApache Sparkを使ったデータづくりを紹介します。Apache Sparkはビッグデータ解析基盤で、多数のサーバーをつなぎあわせ、ひとつの大きなデータ処理を行う … “Omics Analysis with Apache Spark”の続きを読む
今回は、「GWAS tutorialを動かしてみよう!」を行いました。HailのドキュメントにあるGWAS tutorialを使い、ハンズオンで丁寧に操作を追える日本語の補足つきのNotebookを用意し、解説をいたしま … “Hail-jpハンズオンセミナーでGWAS tutorialの解説をしました”の続きを読む
前回のインストール編につづき今回は、「GWAS tutorialを動かしてみよう!」を行います。HailのドキュメントにあるGWAS tutorialを使い、ハンズオンで丁寧に操作を追える日本語の補足つきのNoteboo … “Hail-jpにてGWAS tutorialの解説をします”の続きを読む