NABE

次世代シーケンスデータ解析標準システム

Takeru for Sequencer V

Takeru: Beowulf Cluster Reference System
Takeru for Sequencerイメージ図

NGSデータ解析ソフトウェア構築済み

オープンソースで公開されているものを中心に、シーケンサーメーカーの提供するツールや有力な商用ソフトウェアも含めて設定・構築済みの状態で導入できるため、多様なデータ解析手法を試すことができます。

データ解析環境構築

優れた信頼性のサーバーやストレージを構成するだけでなく、共同研究先や出張先からの遠隔アクセス設定、シーケンサー設置場所と研究室が離れている場合のネットワーク設定など、シーケンサー周りのIT環境全般を整備できます。

ワンストップサポート

解析アプリケーションの追加構築や不具合発生時の問題切り分けなど、ハードウェアおよびソフトウェアについてワンストップにて、プロジェクト期間中を通してサポートを得られます。

構築例

仕様

ヘッドノードとなるRAIDサーバーに4つの計算ノードで構成されるクラスター構成例、およびヘッドノードに計算ノード2台を加えたベーシック構成例です。オプションのGPUノードも含め、ご希望やご予算に応じて構成の追加・変更が可能です。

Takeru for Sequencer V クラスター構成例

Takeru for Sequencer V クラスター構成例の図
Cluster head node兼RAID server(1台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx/51xx ×2
Chipset Intel C622
Memory 256GB (32GB×8) DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
HDD (system) 2TB SATA HDD 7,200rpm×2, RAID1構築済み ※MTBF 2.0Mhrs
HDD (data) 152TB (8TB SATA HDD 7,200rpm×22) +予備HDD×2 ※RAID構成はご相談のうえ決定いたします ※MTBF 2.0Mhrs
Network 10GBase-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1, IPMI
Chassis & PSU 19" 4U rackmount, 1280W redundant
OS/設定 Cent OS for x86_64, MPI構築済み
Cluster compute node(1台)<4ワークノード/台>
CPU {Intel Xeon Gold 61xx/51xx ×2}×4
Chipset {Intel C621}×4
Memory {192GB (16GB×12) DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.}×4
HDD {2TB SATA HDD 7,200rpm×1}×4 ※MTBF 2.0Mhrs
Network {1000Base-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1, IPMI}×4
Chassis & PSU 19" 2U rackmount, 2200W redundant
OS/設定 Cent OS for x86_64, MPI構築済み
HDD reference server(1台)
CPU Intel Xeon Bronze 31xx ×1
Chipset Intel C621
Memory 16GB (16GB×1) DDR4-2133 SDRAM ECC Reg.
SSD 120GB 2.5" SATA SSD MLC×1
Network 1000Base-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1, IPMI
Chassis & PSU 19" 2U rackmount, 500W
OS/設定 Cent OS for x86_64構築済み
その他 eSATA/USB3.0ツールレス外付けHDDケース付属
Gigabit Ethernet switch(1台)
Port 1000BASE-T×24
1U rackmount, LANケーブル付属(必要数)
InfiniBand switch(1台)
Port FDR 56Gb/s Inifiniband QSFP×12
1U rackmount, FDR InfiniBand対応ケーブル付属(必要数)
KVMドロワー&スイッチ(1台)
17" TFT rackmount LCD、入力デバイス付き, 16-KVM port, KVMケーブル付属(必要数)
UPS(1台)
全システムバックアップ分, AC200V入力, 常時インバーター方式
停電時自動シャットダウン機能付き
PDU(1台)
Input: 200V30A (NEMA L6-30P), Output: IEC320 C13(12), 1U rackmount
ラック(1本)
前後オープン19" 42U(EIA2000H600W1000D)前後扉無し, 両側面パネル付き
転倒防止スタビライザーおよびレベルキャスター付属
設定
Univa Grid Engine構築済み
動作確認
搬入/設置/動作確認作業含む
保証・保守
ハードウエア3年保証、システムオンサイト保守(納入後1年間)※(年20時間以内のTakeru Project-Lifetime Supportを含む)

Takeru for Sequencer V ベーシック構成例

Takeru for Sequencer V ベーシック構成例の図
Cluster head node兼RAID server(1台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×1
Chipset Intel C622
Memory 128GB (32GB×4) DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
HDD (system) 2TB SATA HDD 7,200rpm×2, RAID1構築済み ※MTBF 2.0Mhrs
HDD (data) 4TB SATA HDD 7,200rpm×22+予備HDD×2 ※RAID6+hotspare構築済みにて実効容量76TB ※MTBF 2.0Mhrs
Network 10GBase-T×2, IPMI
Chassis & PSU 19" 4U rackmount, 1280W redundant
OS/設定 Cent OS for x86_64, MPI構築済み
Cluster compute node(2台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C621
Memory 128GB (16GB×8) DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
HDD 2TB SATA HDD 7,200rpm×1 ※MTBF 2.0Mhrs
Network 10GBase-T×2, IPMI
Chassis & PSU 19" 1U rackmount
OS/設定 Cent OS for x86_64, MPI構築済み
Gigabit Ethernet switch(1台)
Port 1000Base-T×16
1U rackmount, LANケーブル付属(必要数)
10-Gigabit Ethernet switch(1台)
Port 10GBase-T×8, 10G-SFP+×1
1U rackmount, 10GBase-T対応ケーブル付属(必要数)
KVMドロワー&スイッチ(1台)
17" TFT rackmount LCD、入力デバイス付き, 16 KVM port, 1 user, KVMケーブル付属(必要数)
UPS(1台)
Cluster head nodeバックアップ分, AC100V入力, ラインインタラクティブ方式
停電時自動シャットダウン機能付き
ラック(1本)
前後オープン19" 42U(EIA2000H600W1000D)前後扉無し, 両側面パネル付き
転倒防止スタビライザー及びレベルキャスター付属
設定
Univa Grid Engine構築済み
動作確認
搬入/設置/動作確認作業含む
保証・保守
ハードウエア3年保証、システムオンサイト保守(納入後1年間)※(年20時間以内のTakeru Project-Lifetime Supportを含む)

Takeru for Sequencer V GPUサーバーオプション

GPU compute node
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C622
Memory 384GB (32GB×12) DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
HDD (data) 2.5" SSD×1
GPU NVIDIA Tesla or GeForce ×4
Network 10GBase-T×2, IPMI
Chassis & PSU 19" 1U rackmount, 2000W redundant
OS/設定 Cent OS for x86_64, MPI構築済み

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