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Takeru for Sequencer V 特長

Takeru: Beowulf Cluster Reference System

ソフトウェア

豊富なNGSソフトウェアに対応

Takeru for Sequencer Vでは、オープンソースソフトウェアを中心に増え続ける次世代シーケンシングデータ解析ソフトウェアの多くを、動作確認やインストール、各種設定等の構築済みにて導入できます。つまり、時に一筋縄ではいかないLinux上、クラスタシステム上へのソフトウェアインストールを自分で行う手間が省け、Takeru for Sequencer V導入直後から本来の解析業務を始められます。新旧のソフトウェアバージョンを併存させたい場合のライブラリー設定、CPU一つあたり二桁にもなるコアを無駄なく使って計算できるようにするための負荷分散設定等も行えます。Takeru標準構築済みNGSソフトウェアリスト(最新版についてはお問い合わせ下さい)に掲載のないものについても多数導入実績がございますので、使用ソフトウェアについてはご相談下さい。(次世代シーケンサー以前から存在するマッピングソフトウェアBLATについては、有償の商用利用について代理販売いたします)

ウェブベースのソフトウェアに対応

UCSC Genome Browserや統合解析ツールGalaxyなど、ウェブベースで動くソフトウェアをローカル環境(手元のマシン上)に構築できます。セキュリティの懸念や所属組織ポリシーによって手元のデータを外部ウェブサイト上で使用できない場合や、データベースサイズが大きくダウンロード時にトラブルが発生する場合などに有効です。UCSC Genome Browserについては、インストール後にUCSC側で更新されたデータをローカルに反映させ、同時にcustom trackデータの移行を行うことも可能です(詳しくはこちら)。Galaxyについては、本体と別個にインストールが必要な解析ソフトウェアのインストール設定に加え、Bowtie2他負荷分散ツールOpen Grid Scheduler経由の動作が可能なソフトウェアに対する負荷分散設定により、CPUの有効活用を可能とします。

Takeru Project-Lifetime Support

アウトプットが指数関数的に増大し新規技術が次々と開発される次世代シーケンサーの進化に対応するため、Takeru Project-Lifetime Supportにより、3年、5年と続くプロジェクト期間を通してソフトウェアの新規導入やバージョンアップへの対応、設定変更などを行えます。データ解析システムを実際に使用し始めてから新たに試したいアプリケーションが出てきた場合に有効です。万が一の不具合発生時にはハードウェアとの発生個所切り分けを行い、ソフトウェア動作における問題を解決するといったサポートも、プロジェクト期間を通して受けられます。

データ解析環境構築

Takeru for Sequencer Vでは、最適な解析サーバーやストレージの構成設計はもちろん、共同研究先や出張先からの遠隔アクセス、シーケンサー設置場所と研究室が離れている場合の設定など、シーケンサー周りのIT環境全般を整備できます。

(1)解析サーバー/ストレージ

標準構成例をベースに、使用ご希望ソフトウェアを構築済みの状態で導入できます。その他、以下のご希望に対応いたします。

アセンブル向け大量のメモリを搭載した計算ノードが欲しい

ペタバイト級の大容量ストレージを導入したい

多数の計算機から使用頻度の高いデータへ高速にアクセスしたい

→ 高速アクセスデータ領域を持つクラスター型演算システムTakeru Voyager Cluster

(2)次世代シーケンサー機器と解析サーバー間

膨大な量の画像データ転送が必要となるネットワークについて、高速化が可能です。ご相談下さい。

(3)研究室・居室から解析サーバーへのアクセス

ネットワークの高速化が可能です。

(4)共同利用解析室の構築、運営支援

ヒトゲノムデータを取り扱うために解析システムを設置先の所内・学内ネットワークに接続できない等、共同利用解析室の設置が必要となる場合があります。コマンドラインの他にGUIでウェブブラウザ経由の操作が可能なGalaxyの設定が可能です。クライアントマシンやネットワーク環境構築についてもご相談下さい。

(5)遠隔地から解析サーバーへのアクセス援

共同研究先や解析担当者出張先からのアクセスを可能にします(※解析サーバー設置先のセキュリティポリシーによっては、不可の場合もあります)。Takeru Project-Lifetime Supportを利用しリモート経由でソフトウェアを構築する場合は、弊社エンジニアによるリモートアクセスの設定を行います。

(6)データディスクのハンドリング

標準仕様にも含まれているNAS型ハードディスク参照サーバーにより、ツールレスに入れ替え可能なハードディスクにデータをネットワーク経由でコピーし物理的に運搬する方法、高速ファイル転送ソフトウェアのサーバーを転送元に、クライアントを転送先に設定し、直接高速にデータ転送する方法等があります。

サポート

ハードウェア、ソフトウェアの問題を切り分け

Takeruシリーズは、自社組み上げハードウェアに基本OSや並列計算環境を入れ、オープンソースソフトウェアを中心としたお客様ご使用ソフトウェアをすべて構築済みとしている製品です。そのため、万が一のエラーや不具合発生時には、ハードウェアおよびソフトウェアの両面から、あるいは複合した原因も想定し、問題の切り分けや解決を行います。このようなサポートは、Takeru Project-Lifetime Supportとして、3年、5年と続くプロジェクト期間を通して受けられます。

オープンソースソフトウェアの動作をサポート

使用メモリ容量が巨大であったり走らせるジョブ数が多数であったりするハイパフォーマンスコンピューティング用途では、一般に想定されている使い方では発生しないようなエラーや不具合に見舞われることもあります。Takeru for Sequencer Vでは、Linux OS、コンパイラーやライブラリーのみならず、お客様ご使用のNGSデータ解析ソフトウェアも含めて、メーカーサポートの存在しないオープンソースソフトウェアの動作をサポートします。

開発エンジニアチームによるサポート

Takeruシリーズにおいては、サポートサービス専任エンジニアは存在しません。問題の切り分け、部品の修理や交換、システム再構築後の動作確認や負荷試験、お客様サイトでの再設置や動作確認におけるまで、当初からシステムの開発、製造を行いお客様先への納品作業も担当した、システムを熟知するエンジニアチームが責任を持って対応いたします。


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