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分子動力学/量子力学計算向けクラスターシステム

Takeru MolQ Cluster

Takeru: Beowulf Cluster Reference System
Takeru MolQ Cluster image

Takeru MolQ Clusterは、分子動力学や量子化学計算の環境を整えた高速解析サーバーシステムです。

ソフトウェア構築済みのため、システム導入後の解析開始までがスムーズ

GAMESS、GROMACS、NAMD、CHARMM、Gaussian、DOCK、Jaguar、myPresto他について、オープンソースのものは導入前にインストールや設定を、またライセンス等の条件により組織外に出せないものはお客様ご使用場所での現地インストールを行います。また、コンパイラの他、Open Grid SchedulerやTorque等のスケジューリングツールと合わせた設定も行います。ご要望によって、次世代シーケンシング(NGS)解析ソフトウェアを含めた構築も可能です。

研究プロジェクト期間中の新しいチャレンジが、サーバー導入後でも可能

Takeru Project-Lifetime Supportにより、ハードウェアについても計算ソフトウェアについても、計算サーバーの使用が数年にわたるご研究プロジェクト期間を通してサポートされ、また新規ソフトウェア導入が可能です。プロジェクト期間中に新たに必要となった計算データのバックアップやデータ保存用ストレージの追加、ユーザー数増によるシステム設定の変更や計算サーバーシステム外部のIT環境構築等にも対応いたします。

ハードウェアとソフトウェアを合わせたサポートにより、万が一の不具合も素早く切り分け

自社内製造ハードウェアは、分子動力学や量子化学で必須となる高負荷長時間の計算に耐え得るべく、部品の精選とランニングテストを経ています。長年サポート実績のあるLinux OS等オープンソース全般の基本システムソフトウェア、構築したソフトウェアも含めたさまざまな点から、万が一の不具合時にも問題を切り分けられ、サポートを得られます。

仕様

Cluster head node(1台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C620 Series
Memory 96GB(8GB×12)DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
HDD 16TB (2TB SATA HDD 7,200rpm×8)+予備HDD×1  ※MTBF 2.0Mhrs ※RAID構成は別途ご相談のうえ決定いたします
Network 1000BASE-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1
Chassis 19" 2U rackmount, Redundant Power Supply
OS/設定 CentOS for x86_64, MPI構築済み
Cluster compute node(2台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C620 Series
Memory 96GB(8GB×12)DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
SSD 2.5" 480GB SATA SSD MLC×2+予備SSD×1
Network 1000BASE-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1
Chassis 19" 1U rackmount, Redundant Power Supply
OS/設定 CentOS for x86_64, MPI構築済み
GPU compute node(1台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C620 Series
Memory 96GB(8GB×12)DDR4-2666 SDRAM ECC Reg.
SSD 2.5" 480GB SATA SSD MLC×2+予備SSD×1
GPU NVIDIA Tesla P100 ×1
Network 1000BASE-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1
Chassis 19" 1U rackmount, Redundant Power Supply
OS/設定 CentOS for x86_64, MPI構築済み
Gigabit Ethernet switch(1台)
1000BASE-T×24, LANケーブル(必要数)付属
InfiniBand switch(1台)
FDR 56Gb/s InifiniBand×18 InfiniBand対応ケーブル (必要数)付属
その他
KVMドロワー
UPS(停電時自動シャットダウン設定済み)
19" EIAラック 転倒防止スタビライザー, レベルキャスター付
Open Grid Scheduler構築済み
搬入/設置/動作確認含む
システムオンサイト保守(納入後1年間)含む(※年20時間以内のTakeru Project-Lifetime Support含む)
  ※ハードウエア保証:3年
構築する計算ソフトウェアはご相談のうえ決定いたします
Takeru MolQ Cluster 構成図

拡張モデル

計算機システムのユーザー数が増えシステムの拡張が必要となった際には、計算ノードにあたるデュアルCPU搭載サーバーを増設する以外にも、さまざまな形による拡張が考えられます。例えば、共有するデータ量が増加しデータI/Oが性能ボトルネックになった場合は、Lustre等の分散ファイルシステムを用いて高速データアクセス領域を確保するという方法があります。新しいCPUやOSがリリースされたら、システム全体をアップグレードする前に、サーバー1台を最新仕様にして手元に置きまず試してみることも良いでしょう。複数ユーザーの計算を4-way(クアッドCPU搭載)サーバー1台にまとめれば、管理を容易にすることが可能です。

Takeru MolQ Cluster モデル構成

Linuxは、Linus Torvaldsの米国およびその他の国における登録商標または商標です。その他記載された会社名及び製品名等は、該当する各社の商標または登録商標です。
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