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使いやすく‐ Blat


Takeru: Beowulf Cluster Reference System

Blat の販売代理権を獲得

BLAT(The BLAST-Like Alignment Tool)は、UCSCのJim Kent が開発し、ゲノムワイドの高速なアラインメント・ツールとして多くの使用実績を持っています。 最も有名なものは、 UCSCのWebサイトですが、UCSCが提供するKnown Genes データセットを完全自動作成するツールとしても活用されていることは良く知られています。 (The UCSC Known Genes) 。 GenBankの現存するmRNA配列を、それらに対応する(Swiss-Prot/TrEMBL(UniProt) から得られた)蛋白質データを用いてアラインメントし、各々の蛋白質に対して最も代表的なmRNAを選択するために用いられています。 国内でも、H-InvDBのアノテーションでは、ヒト以外の生物種について、DDBJ、RefSeq、Ensenmleから取得した全転写産物(mRNA)の塩基配列を、それぞれのゲノムにマッピングし、ゲノム上の位置を決定するツールとして 用いられているようです。

弊社は、2002年に或る研究者の方から弊社Linux クラスタ、Takeruにて発表間もないBLATの動作確認を 依頼され、その後Takeruシリーズの新機種を開発する度に、パフォーマンスのレファレンスとしてBLATを使用してきました。 今般、或る製薬会社様が、イントロン・エキソン構造(GT-AG)を考慮したより高精度のゲノムワイドの解析に 用いたいという御依頼を契機に、開発元である Kent Informatics Inc.とBLATの販売代理店契約を結ぶこととなりました。弊社は、これまでは、BLATについては無償で使用が許される アカデミック・カスタマに対してインストールのお手伝いをしてきましたが、今後は、民間企業に向けても、有償にて、ライセンス契約、インストール、技術サポートを行っていきます。 とりわけ、Grid Engineを用いてTakeruクラスタを負荷分散することで、更にBLATの作業効率をあげるメリットを提供できることが売りです。是非、弊社にお問い合わせください。

Blat vs Blast



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