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高速アクセスデータ領域を持つクラスター型演算システム

Takeru Voyager Cluster

Takeru: Beowulf Cluster Reference System
Takeru Voyager Cluster製品画像

Takeru Voyager Clusterは、8つの計算ノードを備えた演算システムに高速アクセスデータ領域を加えた、使用頻度の高いファイルへのアクセスを高速化するクラスターシステムです。高速アクセスデータ領域には分散ファイルシステムLustreを採用、一般的なNFS(Network File System)におけるネットワークや、NFSサーバーの持つディスクI/Oにおけるボトルネックを解消します。

高速アクセスデータ領域

NFSデータアクセスの図

計算ジョブ数やノード数が多い場合やI/O要求の大きな計算の場合は、NFSと比べて分散ファイルシステムLustreが有利です。使用頻度や参照頻度の高いファイルをLustre領域にも置くことで、ディスクI/Oのボトルネックを低減させます。 ⇒NFSとの性能比較

Lustreデータアクセスの図

小中規模のクラスターシステムにて一般的に使用されるNFS(Network File System)では、計算ノード数の増加につれNFSサーバーやその先につながるストレージのI/O性能がボトルネック化します。これに対しLustreでは、データを分散させて複数のデータパスを確保することでボトルネックを解消します。実際のデータはOST(Object Storage Target)に分散して置かれていますが、Lustreクライアントであるクラスター計算ノードからは単一のファイルシステムとして見えるため、取扱いが容易です。分散したデータの管理は、メタデータ(実データがどのOSTに存在するか等、ファイル本体以外の情報)のみを扱うMDT(Metadata Target)にて独立して行われます。遅延の少ないInfinibandを使った高速ネットワーク接続も、I/O性能向上に寄与しています。(OSTはOSS: Object Storage Serverによって、MDTはMDS: Metadata Serverによって、それぞれ管理されます。)

次世代シーケンシングデータ解析ソフトウェア構築済み

次世代シーケンスデータ解析システムTakeru for Sequencerシリーズと同様、オープンソースで公開されているものを中心に、シーケンサーメーカーの提供するツールや有力な商用ソフトウェアも含めて設定・構築済みの状態で導入できるため、多様なデータ解析手法を試すことができます。 ⇒構築済みソフトウェアリスト、他

ワンストップサポート

解析アプリケーションの追加構築や不具合発生時の問題切り分けなど、ハードウェアおよびソフトウェアについてワンストップにて、プロジェクト期間中を通してサポートを得られます。Takeru Voyager Clusterでは、分散ファイルシステムLustreの動作についてもサポートいたします。 ⇒サポート詳細

仕様

Takeru Voyager(1式)
構成 Voyager MDS (metadata server)(1台)-- Voyager OSS (object storage server) (4台)
実効ディスク容量40.32TB
Cluster Head Node 兼 RAID server(1台)
CPU Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2
Chipset Intel C622
Memory 256GB (32GB×8) DDR4-2666 SDRAM ECC reg.
Drive (system) 2TB SATA HDD 7,200rpm×2(※RAID1構築済み)+予備HDD×1
Drive (data) 96TB (4TB SATA HDD 7,200rpm×24(※拡張ディスクと合わせてRAID60構築済み)+予備HDD×2
Network 10GBase-T×2, FDR (56Gb/s) InfiniBand×1
Chassis 19" 4U rackmount、1280W×2 redundant
OS/設定 CentOS for x86_64, MPI構築済み
RAID server 拡張ディスク(1台)
Drive 96TB (4TB SATA HDD 7,200rpm×24) (※Cluster Head Nodeと合わせてRAID60構築済み)
Chassis 19" 4U rackmount, 1000W redundant
Cluster Compute Node(2台※)
CPU {Intel Xeon Gold 61xx or 51xx ×2}×4
Chipset {Intel C620 Series}×4
Memory {192GB (16GB×12) DDR4-2666 SDRAM ECC reg.}×4
Drive (system) {2TB SATA HDD 7,200rpm×2(※RAID1構築済み)}×4
Drive (data) {960GB (2.5" 480GB SATA SSD MLC×2(※RAID0構築済み)}×4
Network {1000Base-T×2, FDR (56Gb/s) InfiniBand×1}×4
Chassis 19" 2U rackmount、2200W×2 redundant
OS/設定 CentOS for x86_64, Lustre, MPI構築済み
(※1台に4つのワークノードを備えています。2台で計8ワークノードとなります)
HDD reference server(1台)
CPU Intel Xeon Bronze 31xx ×1
Chipset Intel C621
Memory 8GB×1 DDR4-2133 SDRAM ECC reg.
SSD 120GB 2.5" SATA MLC×1
HDD 4TB SATA HDD 7,200rpm×6
Network 1000Base-T×2, FDR 56Gb/s InfiniBand×1
Chassis & PSU 19" 2U rackmount, 500W
OS/設定 CentOS for x86_64構築済み
その他 eSATA/USB3.0ツールレス外付けHDDケース付属
InfiniBand switch(1台)
Port FDR 56Gb/s Inifiniband×18
1U rackmount, InfiniBand対応ケーブル付属(必要数)
Gigabit Ethernet switch(1台)
Port 1000BASE-T×48
L2 stackable switch, 1U rackmount, LANケーブル付属(必要数)
KVMドロワー&スイッチ(1台)
17" TFT rackmount LCD、入力デバイス付き, 16 KVM port, 1 user, KVMケーブル付属(必要数)
UPS
Cluster Head NodeおよびVoyager MDS/OSSバックアップ分, AC200V入力, 常時インバーター方式
停電時自動シャットダウン機能付き
PDU(1台)
Input: 200V30A (NEMA L6-30P), Output: IEC320 C13(12), 1U rackmount
ラック(1本)
19" 42U 両側面パネル付き
設定
Univa Grid Engine構築済み
動作確認
搬入/設置/動作確認作業含む
保証・保守
ハードウエア3年保証、システムオンサイト保守(納入後3年間)※(年20時間以内のTakeru Project-Lifetime Supportを含む)
Takeru Voyager Cluster構成図

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